Verhouding tussen de boxen
Onderlinge verliesverrekening
De verschuldigde inkomstenbelasting is het gezamenlijke bedrag van de verschuldigde belasting in box 1 ,2 en 3. Omdat elke box zijn eigen tarief kent , is het niet mogelijk een verlies in de ene box te compenseren met de winst in een andere box. Eventuele verliezen kunnen alleen worden gecompenseerd met positieve inkomsten uit eerdere of toekomstige jaren binnen dezelfde box.
Rangorde boxen
Indien een bepaalde inkomen in de heffing van een van de drie boxen is betrokken of in een box is vrijgesteld, kan het niet meer in een andere box worden belast. Beslissend is de bepaling die het eerst is vermeld. Inkomensbestanddelen die in box 1 thuis horen worden in beginsel niet meer belast in box 2 en 3. De tot de aanmerkelijk belang behorende bestanddelen worden op hun beurt in beginsel niet belast in box 3.
Tijdelijke vermogensverschuivingen
Indien vermogensbestanddelen gedurende drie maanden of kort erin box 1 of 2 vallen, waarbij tevens in deze drie maanden de datum van 1 januari valt, word het inkomen dat in deze periode uit het vermogen voorkomt in de vermogens rendementsheffing. Dit betekent dat in feite sprake is van dubbele heffing. De reden hiervan is het tegengaan van belasting ontwijking. Zonder deze bepaling zou het immers mogelijk zijn rond 1 januari voor korte tijd vermogen uit box 3 te halen en onder te brengen in box 1 of 2. Hierdoor zou de grondslag voor de vermogens rendementsheffing worden verlaagt, hetgeen tot een lagere heffing in box 3 zou leiden.
Verzamelinkomen
Het verzamelinkomen is het gezamenlijke bedrag van het inkomen in box 1, 2 en 3, waarbij uit het verleden te verrekenen verliezen niet in aanmerking worden genomen. Het verzamelinkomen is onder meer van belang voor de drempel voor buitengewone uitgaven, de (aanvullende) ouderenkorting en de aanslaggrens. Ook wordt het verzamelinkomen gebruikt voor tal van niet-fiscale regelingen zoals bijvoorbeeld de verplichte ziekenfondsverzekering voor zelfstandigen.